Dans le cadre de l'affaire des transferts douteux à l'Olympique de Marseille qui a déjà valu à Jean-Claude Dassier, pour ne citer que lui, d'être mis en examen, et à Vincent Labrune et Pape Diouf de passer quelques heures devant des enquêteurs de la police, José Anigo a été à son tour mis en examen. L'ancien directeur sportif et entraîneur de l'OM est soupçonné de « complicité d’abus de biens sociaux ». La justice pense que pendant la période 2009-2012, les transferts de plusieurs joueurs ont servi à des intermédiaires, agents et autres personnes qui gravitaient autour de Marseille d'empocher un gros paquet d'argent en surévaluant des opérations au détriment du club phocéen.
Commentant cette mise en examen, l'avocat de José Anigo en a relativisé l'importance. « À la suite d’une mesure d’audition s’inscrivant dans la continuité d’autres mises en examen déjà intervenues dans ce dossier, José Anigo a été mis en examen pour complicité d’abus de biens sociaux (…) Mais aucune interdiction de poursuivre ses activités professionnelles au sein de l’OM n’a été prononcée. Cette mesure technique ne présume de rien si ce n’est de son innocence qu’il convient de respecter. M. Anigo réitère avec force avoir servi l’OM et son actionnaire avec la plus totale probité », a indiqué Maître Emmnanuel Molina. On ne sait pas encore quand ce dossier sera jugé.