Arrivé au sein de l'Olympique Lyonnais en 2015, Rafael se voit bien rester en Ligue 1 la saison prochaine aux côtés de Bruno Genesio.
Débarqué en provenance de Manchester United, Rafael a rapidement fait sa place à Lyon. Même s'il n'a pas toujours été un titulaire dans le couloir droit de la défense de l'OL au cours des deux dernières années, avec notamment l'arrivée de Kenny Tete, recruté à l'Ajax lors du dernier mercato estival. Une concurrence saine, puisque les deux joueurs ont plus ou moins le même temps de jeu entre la Ligue 1 et l'Europa League (1 919 minutes pour Rafael, 1 960 minutes pour Tete), qui ravit pleinement le joueur de 27 ans, très heureux d'être dirigé par Bruno Genesio à Lyon.
« Je suis dans un très bon club. Nous avons beaucoup de jeunes, de bons jeunes. Mais parfois, pour gagner des titres, tu as besoin de joueurs plus expérimentés, comme je l’ai connu à MU avec Neville, Giggs, Ferdinand, Vidic. J’ai le coach ici, un homme du coin, Bruno Genesio. C’est une ville fantastique où il fait bon vivre. Je ne dis pas belle, je dis bien fantastique ! », a lancé, sur ESPN, Rafael, qui déclare donc son amour aux Gones... Mais son heure est peut-être venue, vu que le futur arrivant Leo Dubois pourrait le pousser dehors l'été prochain, tout en sachant que Genesio n'est pas sûr de poursuivre son aventure à la tête de l'OL.