Recruté par l'Olympique lyonnais en août 2011, Bakary Koné a réalisé une première saison honnête avec le club rhodanien, puisqu'il avait été titularisé à 25 reprises par Rémi Garde. Cette saison est beaucoup plus compliquée pour le Burkinabé, titulaire à sept reprises en Ligue 1, et auteur d'une Coupe d'Afrique des Nations très gourmande en énergie, puisqu'il a disputé et perdu la finale face au Nigéria. Titulaire lors des deux dernières rencontres de l'OL, l'ancien guingampais sait que sa saison a été moyenne, mais préfère regarder vers l'avenir.
« J’ai fait ma propre autocritique. Je me suis dit qu’il y avait des choses que je n’avais pas bien faites et j’ai continué à travailler pour revenir à mon meilleur niveau. Je savais que tôt ou tard j’aurais à nouveau la chance de m’exprimer. Je n’ai pas besoin de lire la presse pour savoir quand je suis bon ou quand je ne le suis pas. Je sais ce dont je suis capable. Tout ce que j’ai fait jusqu’à présent n’est pas dû au hasard. Après, chacun à ses qualités, ses lacunes et ses moments de faiblesse. Pour le moment, ma tête est à Lyon où je suis sous contrat jusqu’en 2016. Même si j’ai moins joué cette saison, je pense avoir appris des choses et j’ai toujours la volonté de progresser. Il ne faut pas oublier que c’est seulement ma deuxième saison en L1 », a rappelé dans les colonnes de 20 Minutes le joueur de 24 ans, qui espère donc que sa troisième saison en Ligue 1 sera la bonne, à moins qu'il ne soit poussé vers la sortie par le club qui l'a payé 2ME à l'été 2011.